（脚本／藤川桂介、絵コンテ／松本零士、石黒昇）

西暦2199年、地球は謎の星ガミラスから遊星爆弾による攻撃を受け、放射能による人類滅亡まであと１年の危機に瀕していた。その最中、イスカンダル星の女王スターシャから放射能除去装置・コスモクリーナーDを提供したいというメッセージが届く。だが、そのためには人類が経験したことのない、往復29万6千光年という途方もなく長大な旅をしなくてはならない。地球艦隊司令である歴戦の勇士・沖田十三はこの申し出に対してある決意をする。その頃、地球の極秘計画を探るためガミラスの偵察機が九州の坊ヶ崎沖に迫ってきていた。

（脚本／藤川桂介、絵コンテ／白土武、作画監督／芦田豊雄、白土武）

ガミラスの偵察機との交戦により坊ヶ崎沖に不時着した訓練生の古代進と島大介は、帰投後に司令本部からの呼び出しを受ける。向かった地下工場の天井には巨大な宇宙船の艦尾のような建造物があり、乗り込んだエレベータの先には巨大な宇宙船のブリッジがひろがっていた。沖田十三はいう「メインエンジンはきみたちが火星から持ち帰った通信カプセルの設計図を元に造ったのだ」。そう、これこそ人類最後の希望の船として作り上げた宇宙戦艦ヤマトなのだ。その時、ガミラスの宇宙空母が接近しているとの警報が鳴り響く！

（脚本／藤川桂介、絵コンテ／石黒昇、作画演出／芦田豊雄）

補助エンジンを始動し本来の姿を現したヤマト。冥王星ガミラス前線基地のシュルツは、宇宙空母を一撃で葬り去ったその力に焦りを感じ、ヤマトを超大型ミサイルの標的にする作戦を決行する。その頃ヤマトでは、乗組員によって発進の準備が進められていた。と同時に、地球司令部は地球へ近づく超大型ミサイルを捕捉する。だが、メインとなる波動エンジンはまだ正式な稼働テストも行えていない。果たして波動エンジンは動くか。超大型ミサイルを避けることは出来るのか。沖田を始めとするヤマト乗組員に緊張が走る。

（脚本／藤川桂介、絵コンテ／富野喜幸、石黒昇、作画監督／白土武）

無事地球から発進した宇宙戦艦ヤマト。しかし、１年という限られた間に往復29万6千光年の旅を成し遂げるためには、光の速度をはるかに超えて空間を跳躍する〈ワープ〉が不可欠。それを可能とするのは波動エンジンしかない。だが、イスカンダルから送られた設計図を元に急造されたヤマトの波動エンジンにそれが出来るのか。ワープテストに最適な場所として選ばれた月から火星へと至る空間でワープへのカウントダウンが進む中、レーダーが接近中のガミラス宇宙空母を探知。迎撃のためブラックタイガー隊が発進する。

（脚本／藤川桂介、絵コンテ／松本零士、石黒昇、作画監督／芦田豊雄）

船体を傷付けながらワープは成功するも、エネルギー伝導管の障害から木星の重力圏に引き寄せられたヤマトの眼前に木星のメタンの海に漂う〈浮遊大陸〉が現れる。ヤマトは大陸に不時着しエンジンの修理を進めるが、そこにはガミラスの前線基地があった。ガミラスからの攻撃を受けつつ浮遊大陸からの脱出に成功した時、沖田はヤマト最大の武器〈波動砲〉のテストを命じる。目標はガミラス前線基地。まだ誰も知らない波動砲の運用を前に乗組員に緊張が走る中、木星を周回したヤマトの照準器に浮遊大陸が映り込む。発射トリガーを引く古代。ついに波動砲の試射が敢行される。その結果は…

（脚本／田村丸、絵コンテ／安彦良和、作画監督／白土武）

波動砲による障害で機関室のエネルギー伝導管が融解するトラブルが発生。修理に必要なコスモナイト鉱石を手に入れるため、ヤマトはその鉱脈があるとされる土星の衛星タイタンへ向かった。調査を任されたのは、森雪と分析ロボット・アナライザー。古代も２人の護衛として探索艇へ乗り込むが、コスモナイトを発見・回収している最中にガミラス地上部隊の攻撃を受けてしまう。敵の宇宙戦車に探索艇を破壊された古代たちは、果たして無事にヤマトへ帰還できるのだろうか。

（脚本／藤川桂介、絵コンテ／松本零士、石黒昇、作画監督／芦田豊雄）

エネルギー伝導管の修理を終え、再び航海に戻ったヤマトの右舷を遊星爆弾が通り過ぎて行く。できるだけ戦闘を避けイスカンダルへ急ぎたい沖田だが、地球へ遊星爆弾を撃ち続けるガミラス冥王星前線基地だけは見過ごせなかった。ガミラスの艦隊や超大型ミサイルの攻撃を打ち破り冥王星へ進むヤマト。だが突然、強力なエネルギーの束がヤマトへ襲いかかる。左舷を大破し死角へ逃げ込むヤマトに人工衛星を使って反射されたエネルギーが再び向かっていく。